De acordo com a cronologia e a história da série, Samus Aran foi a única sobrevivente da colônia K-2L quando os Space Pirates arrasaram o lugar, sendo criada, desde então, pela raça alienígena Chozo e enviada a um treinamento especial, onde com 14 anos de idade ganhou a Power Suit (uma armadura de combate feita com base em um esqueleto de um Chozo ). Com o passar do tempo, Samus fez missões que eram consideradas impossíveis, mas não terminou o treinamento de soldados da Galactic Federation e se tornou caçadora de recompensas.
Sua primeira grande missão fora destruir as reservas de Metroids dos Space Pirates em Zebes, derrotando os líderes Kraid, Ridley e Mother Brain no processo.
Depois, acabou com os experimentos dos Pirates envolvendo o mutagênico Phazon, investigou um poder misterioso no sistema Alymbic (enfrentando 6 caçadores concorrentes ao mesmo tempo), e em busca de soldados da Federação perdidos no planeta Aether, salvou os nativos de invasores de uma dimensão paralela.
Em certo ponto, a Federação Galática pediu para Samus exterminar os Metroids em seu planeta natal, e a caçadora matou todos, menos um, entregue para os cientistas da federação. Porém Ridley sequestrou-o, e Samus seguiu-o até Zebes.